Нижнеудинские пещеры представляют большой научный интерес в палеонтологическом отношении. В них в 1875 году И. Д. Черским в слоях, накопившихся на дне пещеры, на глубине 1,5—2 метра найдены были многочисленные и хорошо сохранившиеся остатки вымерших четвертичных животных, обитавших в Прибайкалье еще десятки тысяч лет тому назад. В числе ископаемых животных найдены кости и куски кожи сибирского длинношерстного носорога, кости ископаемого пещерного медведя, значительно превосходящего своей величиной современного бурого медведя; найдены также кости северного оленя, сайги, горного козла, кабана, козули, песца, медведя и др. животных. Часть фауны Нижнеудннской пещеры следует отнести к последней ледниковой эпохе или к началу послеледниковой. Основная масса костей ископаемых животных обнаружена в Малой Нижнеудннской пещере. Остатков первобытного человека и орудий его труда в Ннжнеудинских пещерах не найдено. Однако на некоторых костях животных можно заметить повреждения, которые, по предположению известного археолога М. М. Герасимова, нанесены человеком. В наносах Нижнеудннской пещеры более 30 лет тому назад был найден деревянный наконечник гарпуна с привязанными к нему иглами ежа, обернутый березовой корой. Гарпун был покрыт снаружи толстым слоем известкового налета.

Над Малой Нижнеудннской пещерой, на самой вершине утеса, имеется один, обращенный на восток, небольшой вход шириной в 1 метр и высотой около 80 сантиметров. От этого входа идет короткий узкий коридор, переходящий потом в длинный извилистый щелеобразный проход. С вершины горы, где расположены Нижнеудинскне пещеры, открывается величественная панорама на долину бурной р. Уды, которая местами широкой лентой извивается в глубоком скалистом ущелье. В ясную погоду вдали на горизонте живописно синеют цепи Восточного Саяна, на которых кое-где выделяются остроконечные белоснежные вершины. Несколько больших и малых пещер находится по верхнему течению р. Уды в местности «Над Марией», вблизи заимки Пушкаревых. Эти пещеры не исследованы. Не исследована также пещера, расположенная по р. Паеловке (правый приток р. Уды), в предгорьях Восточного Саяна.