Вход в пещеру, идущий с северо-востока, забаррикадировав большими глыбами камней, поэтому попасть в нее можно лишь ползком. При спуске в пещеру чувствуется движение холодного воздуха. Отдаленные от входа стены покрыты кристаллами льда. Местами со стен свисают красивые снежные гирлянды, которые придают пещере особенно эффектный вид. В конце пещеры постоянно лежит толстый слой льда. В культурном слое пещеры под слоем щебня и темнобурой земли на глубине 40—45 сантиметров были обнаружены остатки культуры ранней поры железного века; наконечники стрел, бруски, ножи. костяные шилья, глиняная посуда, куски бересты и др. предметы. Большой интерес представляют находки астрагалов барана с вырезанными на них древне-тюркскими знаками. Подобные астрагалы были найдены Л. А. Евтюховой и С, В. Киселевым в Минусинской котловине.

Вторая Байдинская пещера находится в 60 метрах на юго-восток от первой. Вход в пещеру с востока В пещере имеются боковые ответвления длиной 3,5 и 8 метров, а также несколько ниш длиной от 2 до 3 метров Ширина ниш до 1 метра. Наибольшая высота пещеры 3,5 метра. Общая площадь около 45 метров Дно пещеры местами покрыто льдом, а стены — кристаллам!' инея. Естественная продушина (шириной до 60 сантиметров), идущая вверх, служила хорошим дымоходом. В пещере, налево от входа, лежали три большие плиты (размером 92 X 99 и 86 X 91 сантиметр), служившие древним обитателям столами и скамейками. Около плит находились кострища и очаг, сложенный из трех камней округлой формы. По сторонам плит и очага в пещере были найдены трехлопастные наконечники железных стрел, железные ножи, костяные шилья, бруски из серого мелкозернистого песчаника, листы бересты от колчана покрытые рисунками стрел и неизвестными знаками фрагменты глиняной посуды железного века с весьма разнообразным орнаментом, костяные шарики от древка стрел и кости различных животных (быка, лошади, марала и др.). у входа во вторую Байдинскую пещеру сохранились тибетские надписи, сделанные белой краской примерно в конце XVIII века.